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常珊, 陆旭峰, 王峰.蛋白质-配体分子对接中构象搜索方法[J].数据采集与处理,2018,33(4):586-594
蛋白质-配体分子对接中构象搜索方法
Review of Conformational Searching Method for Protein-Ligand Molecular Docking
投稿时间:2018-06-08  修订日期:2018-06-16
DOI:10.16337/j.1004-9037.2018.04.002
中文关键词:  蛋白质-配体相互作用  构象搜索方法  分子对接
英文关键词:protein-ligand interaction  conformational searching method  molecular docking
基金项目:NSFC-广东联合基金(第二期)超级计算科学应用研究专项资助项目;国家自然科学基金(11647146,81603152)资助项目;江苏省六大人才高峰(2016-XYDXXJS-020)资助项目;江苏省产学研前瞻(BY2016030-06)资助项目;常州市应用基础研究计划(CJ20160016)资助项目;江苏省研究生科研与实践创新计划(SJCX17_0747)资助项目;江苏省研究生科研与实践创新计划(SJCX17_0748)资助项目。
作者单位
常珊1, 陆旭峰1, 王峰2 1. 江苏理工学院电气信息工程学院生物信息与医药工程研究所, 常州, 213001

2. 常州大学信息科学与工程学院
, 常州, 213164 
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中文摘要:
      分子对接是研究蛋白质-配体分子间相互作用与识别的有效方法。分子间的相互作用过程中形成的近天然构象是结合自由能极低的构象,快速且准确搜索能量极低的构象对于蛋白质-配体分子对接至关重要。本文回顾了蛋白质-配体分子对接中主要的构象搜索算法,包括快速穷举搜索、启发式搜索和其他搜索方法,并列举了采用不同搜索算法的代表性分子对接软件。其次,介绍了蛋白质-配体分子对接的国际评估实验、常用的测试标准库和评价的重要指标。最后,分析并指出了当前蛋白质-配体对接构象搜索方法所存在的主要问题,并对未来的工作进行了展望。
英文摘要:
      Molecular docking technology is an effective approach to protein-ligand interactions and recognition. The near-native conformations generated in the interaction process are the lowest energy conformations, so it is pivotal for the protein-ligand docking to searching these conformations quickly and accurately. Here we reviewed the main conformational searching methods in protein-ligand docking, including the exhaustive searching, heuristic searching and other searching strategies. Meanwhile, we listed the representative docking programs by using these different searching strategies. Furthermore, we introduced the international assessment of predicted interaction, the widely used testing benchmark and the evaluation indexes in protein-ligand docking. Finally, we pointed out the existing major problems of the search strategies in protein-ligand docking and gave a prospect for such field in the near future.
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